Una delle prime aziende ad investire nella genomica è stata la Pic (Pig Improvement Company, comparto suinicolo del gruppo Genus) che, nell’autunno del 2009, ha iniziato a utilizzare una piattaforma di 60mila marcatori genetici in supporto alle scelte selettive.
Nel 2012-2013 la Pic ha cominciato a eseguire la Relationship based genomic selection (Rbgs, Relazione basata sulla selezione genomica) sulle proprie linee pure, e nell’autunno del 2013 ne aveva completato l’implementazione sull’intera popolazione dei nuclei genetici. Questo ha garantito all’azienda britannica un vantaggio incolmabile rispetto ai suoi competitor.
Dunque, negli anni in cui per alcuni l’approccio a questa scienza era solo all’inizio, la Pic aveva già integrato appieno la tecnica nel proprio programma e stava perfino migliorandone alcuni aspetti. Nel 2014, infatti, ha deciso di impiegare, all’interno del proprio programma di selezione, decine di migliaia di ulteriori marker che hanno portato a un notevole incremento dell’accuratezza selettiva.
Relationship based genomic selection
La Rbgs è la piattaforma di genotipizzazione di proprietà di Pic, che attualmente ha incrementato il tasso del miglioramento genetico nella popolazione della casa inglese del 35%. Questo si realizza grazie alla capacità di identificare in maniera più accurata i verri e le scrofe migliori nella popolazione.
La Rbgs è una tecnica che consente di conoscere il profilo genetico degli animali al fine di determinare la porzione di geni comuni tra due soggetti parenti.
Sappiamo che il padre e la madre trasmettono alla loro progenie il 50% dei geni ciascuno e così, in passato, si è dato per assodato che i soggetti di una stessa nidiata avessero in comune il 50% del genoma. Ma la realtà non è questa.
Oggi, per sapere quanto sono simili due fratelli, è possibile “scansionare” 60mila geni nel Dna e verificare quali effettivamente sono in comune. Potremmo dunque distinguere i gemelli identici (stesso corredo genetico) che hanno il 100% di relazione genetica e quelli invece che hanno il 20% o il 60%.
Questa informazione diventa preziosa quando, selezionato un soggetto miglioratore, si andranno a valutare le performance dei parenti (Sib test). Le informazioni ottenute dal fratello con genoma identico avranno un peso estrememente maggiore di quelle ottenute dal fratello con il 20% dei geni in comune.
Tutte queste preziose considerazioni non sarebbero possibili se si considerasse esclusivamente il grado di parentela.
Una grande banca dati
Un’altra importante caratteristica del programma Rbgs è la possibilità di attingere a una consistente banca dati genetici e di performance, avendo così la possibilità di fare questa analisi non solo con i fratelli, ma anche con i genitori i nonni e i bis-nonni del soggetto in valutazione.
Chi può permettersi questo è chiaramente chi è in grado di testare geneticamente il maggior numero di soggetti, ma anche di accumulare informazioni produttive lungo tutta la filiera produttiva. Anche in questo caso il primato è detenuto da Pic che, nel 2015, ha testato circa 50mila soggetti.
Tuttora l’azienda britannica sta continuando ad investire al fine di raggiungere, nel corso di quest’anno, un incremento del 60% e raccogliere informazioni produttive da una mole notevole di capi presenti in varie parti del mondo.
Numeri alla mano, sono 150mila le scrofe a settimana da cui vengono raccolte le performance riproduttive, 100mila/anno i soggetti in valutazone per gli accrescimenti e 450/settimana le carcasse da cui viene valutata la qualità dei tagli.
Su quali caratteri investire
Un importante aspetto da tenere in considerazione quando si parla di genomica in suinicoltura è sicuramente la scelta dei caratteri sui quali investire.
In questo senso, le realtà sono varie: c’è chi investe solo su alcuni determinati caratteri, sul numero di suinetti nati ad esempio, ottenendo notevoli risultati, e chi invece sceglie di effettuare lo sviluppo e la selezione di più caratteri in modo da ottenere un animale che apporti un vantaggio economico all’allevatore, riducendo i consumi e al contempo incrementando la produttività e la qualità della carne.
LA GENOMICA IN SUINICOLTURA
La genomica è una branca della biologia molecolare che studia la struttura, il contenuto, la funzione e l’evoluzione del Dna degli organismi viventi.
La sua applicazione nella zootecnia e nei processi di selezione, ha consentito di migliorare la precisione con cui scegliere i soggetti miglioratori (accuratezza di selezione).
È uno strumento estremamente potente che ci consente di conoscere con notevole precisione se quel dato soggetto possiede o no quella informazione nel Dna che gli farà produrre più suinetti/carne migliore/crescere più in fretta, ecc.
La lettura del genoma suino è divenuta possibile a partire dal 2009 con la pubblicazione di Martien Groenen, sulla rivista Polos One, della produzione del chip a Dna in grado di rilevare 64mila differenze (Snp, Single nucleotide polymorphism, vedi box “Cosa sono gli Snp”) all’interno dal genoma dei suini. Grazie a Groenen lo studio dell’assetto del Dna diviene accessibile a costi decisamente più contenuti.
Ecco, dunque, come oggi tutte le case genetiche stanno applicando questa tecnica nei loro sistemi di miglioramento.
COSA SONO GLI SNP
I geni sono costituiti da 4 nucleotidi (A, T, C, G) disposti in diverse sequenze, due geni deputati alla stessa funzione possono differire per uno solo di questi nucleotidi, esempio:
- gene “x” nel soggetto 1: AAGCCTA;
- gene “x” nel soggetto 2: AAGCTTA.
In questo caso il gene “x” può avere due morfologie che differiscono solo per un nucleotide.
Claudia Monticelli, Genetic Service Pic Italia
Gianluca Avino, General Manager Pic Italia
L’Edicola della Rivista di Suinicoltura
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